鳥羽伏見戦争から函館戦争の終結までを時系列に沿って記述する。
明治維新の時点ですでに天皇が政治の道具、「物体」のような扱いを受けていることに注目すべきである。薩長側は天皇を正統性を付与するものとしてたくみに利用しようと試みた。
明治維新が２つの勢力による抗争だった事実を説明している。また、徳川慶喜の姿勢を批判している。
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大政奉還の時点では、薩長側の意見は分裂していた。すなわち、討幕を主張する岩倉、大久保、西郷、木戸ら強硬派と、幕府を残すべきと主張する公議政体論の松平春嶽、山内容堂らである。
強硬派は風向きの変わらぬ前に王政復古のクーデターを起こし、討幕軍を派遣した。戦闘は鳥羽と伏見ではじまった。政府軍、幕府軍のどちらも洋式装備だったにもかかわらず、指揮官不在の幕府軍は稚拙な白兵突撃をおこない、損害を増やすばかりだった。
錦旗の威力はすさまじく、近畿地方の譜代大名はつぎつぎと政府軍側に寝返った。抗戦するために駐屯していた会津・桑名藩士は、味方だとおもっていた諸藩からの裏切りに会い敗走した。
幕府側の総大将慶喜は、朝廷側の穏健派の温情を期待して、抗戦とも恭順ともいえないあいまいな態度をとりつづけた。かれは鳥羽・伏見戦争がおこると真っ先に大阪城から脱出し、船に乗って江戸に帰ってしまった。江戸に帰ってからも、会津・桑名藩兵に徹底抗戦を命じる一方、薩長からの降伏勧告受け入れの準備をおこなった。
大久保、西郷、岩倉ら討幕派が優勢となるや、慶喜はすぐさま絶対恭順の意を示し、「鳥羽・伏見の戦闘は、一部の分子が暴走したにすぎない」と弁解した。
政府軍は東海道、中山道、北陸道に分かれて江戸進軍を開始し、東海道軍が最速で箱根を越え、小田原を制圧した。中山道軍は甲府や板橋・府中で新撰組らと交戦し、近藤勇をとらえて処刑した。北陸道軍の行程はのんびりしており、ほかより一月遅く江戸に到着した。
山岡鉄舟の仲介で勝海舟と西郷隆盛の会談が実現し、江戸は無血開城する。しかし、主要な装備は佐幕派に持ち去られた。上野山では彰義隊が自然形成され気勢をあげるが、大村益次郎の指揮により鎮圧される。木更津や栃木、群馬など、関東では佐幕派がゲリラ戦をしかけ、官軍は手を焼いた。
東北戦争は、はじめ会津藩、庄内藩などを武力制圧するために薩長が進軍することではじまった。薩長はなんとしても会津藩を武力で制圧したかった。秋田藩やその他小藩は、薩長の側に立って、会津や庄内が平和的に帰順するよう周旋にはげんだ。庄内にたいして征討命令が出されるが、秋田藩も庄内藩も戦意はなく、死人の出ない小競り合いで終わった。
鎮撫使は薩長の総督府の派遣軍であり、東北の参謀は世良修蔵がつとめていた。この鎮撫使と、仙台藩、米沢藩らの関係は次第に悪化し、世良が襲撃され、暗殺された。
東北戦争における総督府の政策は不統一であり、また強硬な朝敵処分は後々まで東北諸藩の恨みをかった。政府は、この失策を世良に転嫁したため、さかんに悪人として描かれたという。
世良の死亡によって東北諸藩は団結し、薩長にかわる政権の樹立を朝廷に訴える。この宣言が奥羽越列藩同盟である。盟主は輪王寺宮、総督は仙台藩主伊達慶邦・米沢藩主上杉斉憲、参謀は小笠原長行、板倉勝静であり、これを諸藩重役がサポートした。
しかし、列藩同盟は装備が旧式であり、統制もとれていなかった。小藩は政府軍につぎつぎ寝返り、仙台藩、秋田藩も降伏した。仙台藩は最大の藩でありながら兵の質が悪いと悪評が絶えなかった。庄内藩も降伏し、会津のみが徹底抗戦をおこなった。
白虎隊の集団自決、若松城下での武家屋敷の自決や虐殺、篭城戦など、凄惨なたたかいがおこった。
――奥羽越の列藩同盟諸藩は薩長両藩の専制に反対し、彼らが牛耳るところの維新政権の改造を要求し、さらに維新政権にかわる新政権を樹立しようと企てたのであったが、その壮途はついに現実のものとなることを得ず、中途にして圧殺されてしまったのであった。
北越地方において、長岡は中立を保とうとしたが、薩長はこれを認めなかった。同盟が成立すると長岡も加盟し、戦闘がはじまり、敗北する。
幕府の海軍を率いた榎本武揚は蝦夷地の函館に上陸し、榎本政権をたてた。これは独立を意図するものでなく、徳川家の安堵を新政府に嘆願する性質のものである。
函館戦争によって軍艦は失われ、陸軍奉行並の土方歳三は戦死した。黒田清隆と榎本武揚のあいだに和議が成立し、戊辰戦争は集結した。
なお、水戸藩は戊辰戦争の最中に、延々と無関係な内部抗争を繰り広げていた。
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東北諸藩は天皇を頂とする新政をかかげる点で薩長と一致していた。彼らが反対したのは薩長による専制・中央集権化である。
東北諸藩や榎本らは、諸藩連合政権の樹立をこころみたが、軍事力によって退けられた。
盛岡出身の原敬は、討幕派（薩長）と東北との対立を「政見の異同にあるのみ」と解釈し、勝者による全面的批判を否定している。原のことばは、官軍と賊軍の争い、つまり正義と悪とのたたかいではなく、あくまで政治上の対立として戊辰戦争をとらえるべきであるとの意を表している。
